穿梭在异界成神

此时葛城美里在自闭和失语中度过三年之后，突然开始讲话并且变得异常开朗乐观。2004年，进行了EVA初号机启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故。真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。自从唯消失在初号机里的事件发生以后，没过多久碇源堂就决定转而实行《人类补完计划》。（在此之前，他的目标只是实行E计划而已）。2005年，葛城美里和赤木律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。